В мае 1996 года был подписан Федеральный закон "О Музейном фонде Российской Федерации и музеях в Российской Федерации", который определил особенности правового положения Музейного фонда и особенности создания и правового положения музеев в Российской Федерации. В июле 1998 года заместитель министра культуры РФ В.П. Демин, в целях приведения в соответствие с действующим законодательством учредительных документов Музея, подписал приказ об утверждении нового Устава Центрального музея Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. и об отмене приказа Министерства культуры Российской Федерации от 15 февраля 1994 года № 779 по утверждению первого Устава ЦМ ВОВ.

 В новом Уставе вновь было подтверждено, что: "Музей находится в ведении Министерства культуры и является центральным научно-методическим учреждением по проблемам Великой Отечественной войны. Он рассчитан на массового посетителя". Музей стал участвовать в качестве коллективного члена Международного Совета музеев, в работе его Российского комитета и Международной ассоциации музеев оружия и военной истории.