Основателем и первым художественным руководителем "Мастерской" был Пётр Наумович Фоменко. В шестидесятые и семидесятые годы он занимался постановкой спектаклей в различных театрах Москвы и Санкт-Петербурга, работал с кинематографом и телеспектаклями. В 1993 году актёрский курс, который Пётр Наумович вёл в Москве, получил статус театра. Спектакли Фоменко известны не только московскому зрителю, но и жителям Грузии, Польши, Австрии и Франции.

С 2012 года художественное руководство перешло к Евгению Каменьковичу: преподавателю театрального мастерства, режиссёру фильмов и постановок, среди которых известные "Джентельменъ", "Горбунов и Горчаков", "Школа для дураков", "Улисс".

В Мастерской Петра Фоменко ставят спектакли Николай Дручек, Вера Камышникова, Иван Поповски, Сигрид Стрём Рейбо, Виктор Рыжаков, Полина Агуреева, Юрий Буторин, Михаил Крылов, Фёдор Малышев, Кирилл Пирогов, Дмитрий Рудков, Юрий Титов, Евгений Цыганов, Евгений Каменькович, Кирилл Вытоптов, Олег Глушков. Сегодня репертуар театра – это сорок спектаклей, среди которых есть и классические постановки, и экспериментальные работы, созданные в "Мастерской" по мотивам литературных произведений.

Театр активно развивается: с весны 2016 года читается курс детских лекций о театре "Путешествие в театральную страну", артисты проводят вечера французской и итальянской музыки, в фойе Новой сцены проходят выставки живописи, фотографии, скульптуры, театрального костюма. В сезоне 2016-2017 планируются работа киноклуба и поэтические чтения.